Обладая большой работоспособностью, Святитель Иоанн всегда был чем – то занят: или читал, или писал, или учил, или размышлял. Больше всего молился. Заперевшись у себя в келии, он долго- долго, коленопреклонный, молился.
Кроме благотворительной деятельности в Тобольске, на плечах Святителя лежала обязанность управления вверенной ему епархией. Новая епархия, была обширная, но мало благоустроенная и потребовала от него напряженной деятельности. Епархия была не только необъятна, но и не просвещена, духовенство было необразованно, многочисленные племена были не просвещены Светом Христова учения. Храмы в некоторых местах годами оставались без пастырей, верующие жили и умирали без Святых Тайн. Объехать митрополию было невозможно, ибо это значило объехать всю Сибирь. Из числа прибывших с митрополитом Иоанном остались немногие, большинство вернулось из суровой Сибири назад. Но Святитель не пал духом. Имея опыт в управлении, он избрал надежных помощников и за сравнительно небольшой промежуток времени своего правления - четыре года, сумел поправить положение.
Всегдашний друг просвещения, митрополит Иоанн горячо заботился о созданной его предшественником Тобольской славяно-латинской школе и, выписывая из Киева и Чернигова для школы знающих наставников, часто употреблял на это свои доходы.
Своим ревностным попечением об умножении образованного духовенства в Сибири он дополнил апостольские стремления неутомимого митрополита Филофея.
Было начато просвещение сибирских племен. В этом ему много помог схимник-митрополит Филофей Лещинский. Отыскивая способных к миссионерству священников, святитель Иоанн стал их посылать к остякам (хантам), вогуличам и другим сибирским народам, заботился об открытии новых храмов.
Митрополитом Иоанном по Высочайшему повелению была направлена в Пекин духовная миссия, которую возглавил эконом Тобольского архиерейского дома архимандрит Иларион Лежайский. С ним ехали иеромонах Лаврентий, иеродиакон Филимон, три причетника и четыре служителя. 16 января 1715 года миссия выехала из Тобольска и направилась в Китай. Там она была принята с особым радушием императором Кан-Си, который выделил ей деньги на приобретение домов, а каждому члену миссии преподнес особые подарки. Кроме этого, все священнослужители были возведены в различные чины мандаринства (титулы чиновников Китая). Благодаря трудам митрополита Иоанна был благоустроен Иркутский край.
Кроме трудов по управлению обширной епархией и благотворительной деятельности, владыка Иоанн был стихотворцем. Летописец свидетельствует: “ Едино у него увеселение было - писать душеспасительные сочинения”(9). Он обогатил духовенство и паству многими назидательными сочинениями и тем вооружил православные умы для деятельного и разумного распространения просвещения. Находясь уже на Тобольской кафедре, святитель Иоанн выпускает на церковно-славянском языке “ Илиотропион”, так же им была выпущена книга “ Феатрон поучительный царям, князям и владыкам”, где говорится об обязанностях властей. Наконец, вся его благоговейная душа отразилась в сочинении “ Богородице Дево радуйся” и в книге “ Богомыслие в пользу правоверных”.
Так во славу Божию и работал Иоанн до самой своей блаженной кончины, приобретая все большую любовь своих духовных детей, которые и при жизни владыки считали его прозорливым, молитвенником дерзновенным. Тоболяки видели в нем ни архиерея, ни ученого мужа, ни митрополита, а подвижника, святого, монаха. Заранее чувствуя близость своей смерти, митрополит стал к ней готовиться: исповедался и причастился. 9 июня 1715 года он в последний раз служил литургию и в этот день он в своих покоях дал обед для городского духовенства и нищих. Своим гостям он прислуживал сам. После трапезы, простившись со всеми, он ушел во внутренние комнаты своих апартаментов и заперся в них.
Утром, 10 июня, когда пришло время звонить к утрени, за благословением к внутренним комнатам подошел чередной. На осторожный стук в дверь ответа не последовало. У закрытых дверей собралось духовенство, приехал губернатор и, предчувствуя недоброе, приказал взломать дверь. Вступившим в комнату открылась картина блаженной смерти святителя Иоанна. Митрополит, уже почивший, стоял на коленях перед образом Божией Матери.
Смерть владыки Иоанна провидел находившийся в тот день далеко от Тобольска, в Кондинском крае, его предшественник и преемник митрополит Филофей. Он сказал своим спутникам: “ Брат наш Иоанн успе. Прейдем отсюда”.
Убедился народ в святости своего митрополита и тогда, когда тело его, не будучи предано земле (пришлось долго ждать возвращения из миссионерской поездки святителя Филофея), долго оставалось нетленным.
Кончину Святителя оплакивала как тобольская, так и бывшая черниговская паства. И тут и там, еще при жизни его, сложилось о нем убеждение, как о святом муже. По своим личным качествам, он действительно был человеком высокого христианского настроения. Для своей паствы в Чернигове и Тобольске он был не духовным начальником, а духовным отцом. Он напоминал ей того евангельского пастыря, который готов был положить душу свою за овцы своя. Все отношение его к людям было проникнуто духом евангельской любви. В обращении со всеми он был прост и доступен. Двери его дома были открыты для всех. Все находили тут радушный прием, Святитель всех встречал с лаской, любовью и никто не уходил от него без доброго совета и утешения. Особенно Святитель входил в положение бедняков. Он был великим нестяжателем, нищелюбцем. Около него постоянно ютились сирые и обездоленные, и он раздавал им все свое скудное достояние.
