Черниговская паства, полюбившая всей душой Святителя, с великой скорбью восприняла весть о том, что их “добрый пастырь” святитель Иоанн назначается митрополитом Тобольским и всея Сибири.
Существует предание, что это назначение произошло не без участия известного князя Меньшикова, задетого независимым поведением Святителя при освящении церкви в одном из княжеских имений в Черниговской епархии.
В поместьях князя Меньшикова, находившихся в Черниговской епархии, была выстроена новая церковь. Меньшиков написал своему управителю, чтобы церковь была освящена в такой-то день. Управитель передал это преосвященному Иоанну. Но Иоанн сказал, что назначение времени освящения храма зависит от епархиального архиерея, и что в назначенный день ему быть там никак нельзя, а будет он в другое время тогда-то. Как сказал преосвященный, так и сделал. По случаю освящения церкви управитель устроил обед, но преосвященный не любил быть на чужих обедах, поэтому не удостоил отведать княжеского стола. Меньшиков, узнав об изменении даты освящения церкви, и об отказе от обеда, сильно прогневался на архиепископа Иоанна Максимовича и, из мести, когда вакансия на Тобольскую митрополию сделалась праздной, сделал то, что туда назначил именно его. Максимович услышал о виновнике своего перемещения и, при отъезде в Сибирь, сказал: ” Да, мне далеко ехать, но он будет еще далее меня”. Предсказание преосвященного сбылось. Меньшиков был сослан в Березово, где и умер. Но предание этим не оканчивается. Говорят, что владыка Иоанн, когда Меньшикова провозили секретно мимо Тобольска по Иртышу, не получив но от кого известия, вышел на берег реки, поклонился на плывшее судно и благословил его. Но это предание не верно. Иоанн умер в 1715 году, а Меньшикова сослали в 1727 году(6). Относительно того кем, когда и за что был сослан Александр Данилович Меньшиков, гражданская история России рассказывает следующее.
Меньшиков был сослан молодым императором Петром II Алексеевичем Романовым. Указ был подписан 9 сентября 1727 года. Причина ссылки лежит в личных отношениях Петра II с Александром Даниловичем. Чтобы еще более упрочить свое положение Меньшиков решил женить Петра II на своей старшей дочери Марии Александровне. Чтобы усилить свое влияние на молодого императора и оградить его от всяких посторонних лиц, Меньшиков, после смерти императрицы Екатерины I, перевез Петра II в свой дом. Вместо прежних учителей в воспитатели был назначен Остерман. 24 мая совершилось обручение молодого императора с княжной Марией Александровной. Казалось, Меньшиков достиг пределов своих желаний, но в первых числах июня его постигла случайная неудача, которая стала для него роковой. Могущественный временщик заболел лихорадкой и почти две недели находился между жизнью и смертью. Этого времени оказалось достаточно, чтобы влияние его на молодого императора оказалось основательно подорванным. Оправившись после болезни, Меньшиков заметил, что император сильно переменился, но не понял, насколько глубока эта перемена. Он хотел исправить его строгостью и тем окончательно погубил себя. Произошло несколько ссор на почве денег. Каплей, переполнившей чашу терпения Петра II, явилось событие связанное с освящением часовни в ораниенбаумском поместье Меньшикова. Он предполагал отметить ее освящением великолепным праздником, на котором должен был присутствовать и император. Но Петр II не приехал. На другой день Петру донесли, что Меньшиков во время богослужения занял императорское место. Александр Данилович поспешил уладить дело, но ничего не смог сделать. 9 сентября был подписан указ о его ссылке(7).
В 1711 году Чернигов прощался со своим любимым пастырем. Возведение в сан митрополита и назначение на Тобольскую кафедру было почетным, но всё-таки эта почесть являлась ссылкой.
14 августа 1711 года накануне праздника Успения к берегу Иртыша напротив Знаменского монастыря пристало два дощаника(8). Тобольский воевода Бибиков вошёл на митрополичий дощаник приветствовать владыку, а на берегу от пристани до самого Знаменского монастыря стояли строем три казачьих полка. Владыка сошёл на берег, вошёл в монастырь. Был отслужен молебен и, благословив народ, Святитель возвратился на дощаник. На следующий день утром, облачившись в полное архиерейское облачение, в сопровождении духовенства, крестного хода, властей и войск, убеленный сединами шестидесятилетний старец-митрополит вступил в город, поднялся в Софийско-Успенский собор и совершил божественную литургию. Так начал свое служение святитель Иоанн в новой для него обширнейшей сибирской епархии, в состав которой входили нынешние епархии: Екатеринбургская, Омская, Томская, Новосибирская, Иркутская и другие. Всего три года правил митрополит Иоанн этой громадной епархией. Он и здесь, как и в Чернигове, сразу же приобрел себе народную любовь. Летописец свидетельствует о личных качествах святителя: “ Был, тих, скромен, благорассудлив, о бедных сострадателен, милостив”. Святитель Иоанн вел жизнь постническую и уединенную, по большей части оставаясь в своей келии для молитвы или написания душеспасительных сочинений. Он часто совершал божественную литургию и поучал паству своими проповедями. Сам он отличался смирением и кротостью, оказывал помощь, по большей части тайную, сиротам и вдовам. Сохранились свидетельства того времени о том, что многие бедствующие слышали вечерней порой стук в окошко, а когда открывали его, им передавалось подаяние со словами: “ Приимите во имя Иисуса Христа”. Он также помогал содержать богадельни, которых находилось в Тобольске около 20. Часто навещал каторжников в тюрьмах, молился за них, утешал и давал деньги на пропитание. Если к бедным и страждущим он проявлял особое сострадание, мог зайти в любой дом к сиротам, одиноким людям, то к высоким чиновникам, богатым купцам, которые всячески зазывали его к себе, идти не желал ни под каким предлогом. Сообщается лишь один случай, когда он посетил богатый дом губернатора князя Гагарина, и то после неоднократных его просьб. Но к себе на обед непрестанно приглашал горожан и особенно нищих, занимая их за столом душеспасительными беседами, так как обладал замечательным даром слова. Он вел себя так сообразно евангельскому завету: “ Когда делаешь пир - не зови соседей богатых, которые могут воздать тебе тем же, но зови слабых, угнетенных, больных!”.
