Сибирская епархия образованная в 1620 году прошла уже к тому времени начальный этап своего развития и представляла собой достаточно сложный организм, обеспечивающий духовную жизнь местного сибирского общества. Епархия быстро развивалась. По сведениям И. М. Покровского в конце XVII — начале XVIII века в Сибири насчитывалось 160 церквей. По переписи 1719 года в 13 заказах митрополии насчитывалось уже 283 церкви.
Быстрое развитие в Сибири получили монастыри, выполняющие роль центров религиозно-церковной жизни.
Уже в конце XVI века, одновременно с возведением в Тобольске острога, на левом берегу Иртыша, в устье Тобола был основан древнейший сибирский монастырь. Он назывался Успенским или Никольским. В 1621 году монастырь сгорел, вскоре был восстановлен, но уже под горой, на нижнем посаде правого берега Иртыша, при впадении в него реки Монастырки. С 1623 года стал именоваться Знаменским во имя соборной церкви, построенной на его территории.
В начале XVIII века возросло значение Тюменского Свято-Троицкого монастыря. Он был основан переселившимся из Казанской земли, Раифской пустыни монахом Нифонтом в 1616 году и носил название Преображенского. К Нифонту первоначально присоединились немногие. В 1622 году монастырю была пожалована Руга — жалованье, выдававшееся хлебом, частично деньгами, и два рыбные места. Была построена первая деревянная церковь. Однако до начала XVIII века монастырь влачил жалкое существование, приходил в упадок.
Второе рождение монастыря связано с именем митрополита Филофея Лещинского (1649—1727). В 1702 году монастырь был переименован и стал называться Свято-Троицким, началось возведение из камня церквей и помещений. Первой была построена к 1708 году соборная Троицкая церковь (освящена в 1715 году), позднее — церковь Петра и Павла, названная так в честь дня именин Императора Петра! (1672—1725), и третья церковь, на северной стороне монастыря, получившая имя Димитрия Солунского (Селунского) и Георгия Победоносца. К последней был пристроен каменный одноэтажный корпус для кухни и келий.
Возникновение многих монастырей связано с именем первого сибирского архиерея Киприана (Старорусенин) (2-я полов, XVI ст. — 1635). При его личном участии были основаны женский Верхотурский Покровский (1621 г.), мужской Томский Успенский (1621 г.)8, мужской Невьянский Богоявленский (1624) монастыри. При его правлении в епархии начали действовать женские Тарский Параскево-Пятницкий, Тюменский Успенский (Ильинский", Тобольский Рождественский, мужские Туринский Николаевский, Тарский Спасский монастыри.
При церкви, построенной еще в самом начале XVII века, в 1635 году был основан самый северный Березовский Воскресенский мужской монастырь. Правда, он просуществовал недолго — упразднен в 1723 году, монахи переведены в Кондинский монастырь, а в его помещениях разместился острог, где позднее содержались опальные Меньшиковы, Долгорукие, Остерман.
В 1644 году возник знаменитый Далматовский (Долматов) Успенский монастырь. По преданию, его основателем был старец Далмат, уединившийся после смерти жены в пещере. К нему присоединились еще несколько отшельников, поставили часовню с образом Успения Божией Матери. Илигей, тюменский татарин, владелец этих мест, задумал разрушить скит, однако во сне ему явилась Богоматерь с пламенным мечом и запретила делать что-либо дурное Далмату. Затем, в 1646 году, татарский князь Давлет-Гирей напал на монастырь, разгромил и сжег его, но икона Богоматери осталась и в огне невредимой. Это чудо сделало икону известной далеко по округе.
Говоря о росте монастырей в Сибири, численности монашествующих, стоит сделать акцент на том, что именно в монастырях собирались духовные книги (рукописные и старопечатные), велось летописание, получали первые азы духовной грамоты их послушники, складывались центры иконописи. Поэтому рост значения епархий находил отражение и в ее статусе. Уже во время своего учреждения она была поставлена в разряд первостепенных русских епархий (занимала третье место среди епархий второго класса вслед за Казанской и Астраханской), а ее глава носил титул архиепископа. В 1668 году Сибирская епархия была возведена в степень митрополии и ее преосвященные получили титул митрополитов.
